En diciembre del año pasado el Vaticano le inició una investigación por supuestas desprolijidades en el manejo de fondos y maltrato a sacerdotes y laicos. El Vaticano informó este lunes por la mañana —por medio del nuncio en Argentina Mons. Emil Paul Tscherrig— la decisión del Papa Francisco de nombrar al arzobispo de Rosario Monseñor José Luis Mollaghan, miembro de la Congregación para la Doctrina de la Fe, en la comisión que se está creando para el examen de las apelaciones de eclesiásticos acusados o condenados por "delicta graviora". 

En los medios eclesiásticos se lee este nombramiento no como una "promoción" sino como una "remoción" ya que aún no cumplía con la edad de 75 años para jubilarse y teniendo en cuenta su actuación como arzobispo se le aplicó el viejo adagio vaticano que reza "promoveatur removeatur" ya que próximamente cumplirá funciones  esencialmente administrativas en la Curia Romana.  

El hasta ahora controvertido arzobispo rosarino de 68 años, continuará como Administrador Apostólico de "sede vacante" (es decir, que la diócesis no tiene un obispo titular) con las facultades de obispo diocesano mientras el Papa designe a su reemplazante en los próximos días.

Reconocido especialista en Derecho canónico, Mollaghan ejerció diversos cargos entre los que se destacan el haber sido secretario general de la Conferencia Episcopal Argentina durante 6 años; secretario de la comisión episcopal para la Universidad Católica Argentina (UCA) y delegado ante el Consejo Episcopal Latinoamericano (CELAM). 

En 1993 Juan Pablo II lo nombra obispo auxiliar de Buenos Aires y en el 2000 es trasladado como obispo de San Miguel hasta el 2006 que Benedicto XVI lo nombra al frente de la arquidiócesis rosarina.  En diciembre del año pasado la Santa Sede le inició una investigación luego de que llegara una serie de denuncias de laicos y sacerdotes a la Nunciatura en Buenos Aires por los maltratos a los que eran sometidos por Mollaghan sumado a supuestas irregularidades en el manejo de los fondos de la Iglesia. 

Hasta el momento no se conocen los resultados de la investigación encabezada por ex arzobispo de Mendoza José María Arancibia (designado por el Vaticano para investigar en 1994 las denuncias de abuso sexual que hizo un grupo de seminaristas contra el entonces arzobispo de Santa Fe Edgardo Storni).