En el famoso Juicio a las Juntas de 1985, Julio César Strassera fue el fiscal querellante que condujo el proceso por el cual el gobierno de Raúl Alfonsín intentaba procesar a nueve integrantes de las Juntas Militares (incluyendo jefes de estado) que gobernaron Argentina durante el autodenominado “Proceso de Reorganización Nacional” entre 1976 y 1983 que terminó con la condena de cinco de ellos, la mayor parte a cadenas de prisión perpetua. Fue el primer proceso masivo contra comandantes militares por el asesinato masivo de personas desde los Juicios de Núremberg, el único en el mundo hecho por tribunales civiles.

En el juicio Strassera realizó de viva voz la acusación pública contra los dictadores, que constituye un documento histórico y una pieza fundamental en la defensa de los Derechos Humanos.
El Fiscal Julio César Strassera solicita la pena de reclusión perpetua para la Junta Militar y menciona la famosa frase "Nunca Más".

El 9 de diciembre se dictó la sentencia condenando a Jorge Rafael Videla y Eduardo Massera a reclusión perpetua, a Roberto Viola a 17 años de prisión, a Armando Lambruschini a 8 años de prisión y a Orlando Ramón Agosti a 4 años de prisión. Por las características que tuvo, la condena a las juntas militares realizada por un gobierno democrático constituye un hecho sin precedentes en el mundo, que contrastó fuertemente con las transiciones negociadas que tuvieron lugar en aquellos años en Uruguay, Chile, Brasil, España, Portugal y Sudáfrica.